dans cette étude, la diversité génétique de la perche eurasienne Perca fluviatilis a été comparée entre deux lacs, le lac léman et le lac neuchâtel. ces deux lacs sont séparés seulement par 50 km mais situés sur deux bassins hydrographiques différents et leurs populations sont souvent utilisées comme populations fondatrices en perciculture. des spécimens de perche ont été échantillonnés au niveau de deux sites du lac neuchâtel et de six sites du lac Léman à deux périodes : à la fin de la période de reproduction en juin 2012 et en septembre 2012 (début de l’automne). les analyses ont été réalisées à l’aide de douze microsatellites. les perches vivant dans le lac léman sont génétiquement différentes des perches du lac neuchâtel. en effet, la diversité génétique est plus forte pour les populations du lac neuchâtel (nombre moyen d’allèles A = 6,91, richesse allélique Ar = 5,19 et hétérozygotie observée Ho = 0,607) que celle du lac léman (A = 6,08, Ar = 5,86 et Ho = 0,416). des allèles privés sont présents dans les populations de chaque lac ce qui les caractérise. Selon les FST-pairwise, les populations des deux lacs sont significativement différentes. Quelques hypothèses sont discutées pour expliquer une telle différence : la nature du bassin hydrographique et les actions anthropiques, notamment la pression de pêche et les pratiques aquacoles. Même à petite échelle, le choix de l’origine des populations fondatrices naturelles influence la variabilité génétique initiale et les mises en captivité pour les premières étapes de domestication.