L'optimisation de la production en aquaponie nécessite une connaissance approfondie des compartiments végétaux, piscicoles et microbiens. Cet opinion paper se concentre sur les composés organiques libérés par les racines et leur implication dans un système aquaponique, un domaine qui n'a fait l'objet que de peu ou pas de recherches directes jusqu'à présent. La littérature scientifique clé de deux domaines d'étude distincts - les composés phytochimiques dans de domaine de l'aquaculture et les exsudats racinaires dans la biologie des plantes - révèle les voies et les effets possibles. Les exsudats racinaires, libérés passivement ou activement par les plantes en guise de réponse au stress, de protection ou de signalisation, ont le potentiel d'influencer le microbiome des systèmes et des poissons d'élevage, car il a été constaté que des substances phytochimiques similaires affectent l'abondance et la diversité des bactéries, ainsi que la santé et le comportement des poissons. Il s'agit là d'aspects essentiels au bon fonctionnement d'un système aquaponique, ce qui montre la nécessité de poursuivre les recherches pour mieux comprendre les sources et les mécanismes de ces molécules et les moyens possibles d'exploiter les effets bénéfiques qui peuvent guider de nouvelles orientations de recherche à mesure que l'impact de l'aquaponie s'accroît dans l'aquaculture en circuit fermé.